Sauf erreur, le flat base son calcul sur l'intensité des pixels les plus sombres et des pixels les plus clairs mais pas sur la couleur ( mais ce n'est pas un simple calcul de différence; malheureusement je ne serais pas capable de t'en dire plus), mais du coup il me semble que la couleur n’interfère pas dans la processus.
Si tu ouvres le fichiers flat généré ( sous format fits ) dans Siril, et que tu te mets en mode histogramme, tu obtiens quoi ?

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Ce controle dans SIRIL va te permet de voir la "tronche" de ton flat.
Sinon, sur les caméra couleurs, tant que tu n'as pas fait une balance des couleurs, tu peux obtenir des tons parfois surprenant.

Rien d'anormal.